Durant l'hiver 1992-93, la ville de Lausanne ouvre une structure d'accueil de nuit pour les sans-abri dans un bâtiment de la protection civile.
Constatant que cela répond à un réel besoin, elle décide de renouveler cette expérience pour l'hiver suivant et demande à l'Armée du Salut de gérer ce centre d'accueil de nuit.
Fin 1993, La Marmotte s'installe dans les locaux du 1er étage de La Résidence, foyer d'accueil et de soutien psycho-éducatif pour personnes en rupture sociale.
Au printemps 2007, La Marmotte prend possession de ses propres locaux dans un bâtiment voisin.
Depuis 1993, la structure est ouverte tout au long de l'année.